Artigos completos publicados em periódicos

LORENZETTI, ALAN P. R. ; KUSEBAUCH, ULRIKE ; ZARAMELA, LÍVIA S. ; WU, WEI-JU ; DE ALMEIDA, JOÃO P. P. ; TURKARSLAN, SERDAR ; L. G. DE LOMANA, ADRIÁN ; GOMES-FILHO, JOSÉ V. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; MORITZ, ROBERT L. ; KOIDE, TIE ; BALIGA, NITIN S. ; A Genome-Scale Atlas Reveals Complex Interplay of Transcription and Translation in an Archaeon. mSystems, v. 1, p. 1-, 2023

DA SILVA-JÚNIOR, RUI M PATRÍCIO ; BUENO, ANA CAROLINA ; MARTINS, CLARISSA SILVA ; COELLI-LACCHINI, FERNANDA ; OKANOBO OZAKI, JORGE GUILHERME ; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO CUNHA ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; DOS SANTOS, ANTÔNIO CARLOS ; GARCIA-PERAL, CARLOS ; MACHADO, HÉLIO RUBENS ; VOLPON DOS SANTOS, MARCELO ; ELIAS, PAULA LAMPARELLI ; MOREIRA, AYRTON C ; COLLI, LEANDRO M ; VÊNCIO, RICARDO Z N ; ANTONINI, SONIR R ; DE CASTRO, MARGARET ; Integrating methylome and transcriptome signatures expands the molecular classification of the pituitary tumors. JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM, v. 1, p. 1-, 2022

ONGA, EVELYN AYUMI ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; KOIDE, TIE ; Low Salt Influences Archaellum-Based Motility, Glycerol Metabolism, and Gas Vesicles Biogenesis in Halobacterium salinarum. Microorganisms, v. 10, p. 2442-, 2022

BUENO, ANA CAROLINA ; DA SILVA, RUI M. P. ; STECCHINI, MÔNICA F. ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO C. ; CARDINALLI, IZILDA ; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO ; JUNQUEIRA, THAIS ; MOLINA, CARLOS A. F. ; RAMALHO, FERNANDO SILVA ; TUCCI JUNIOR, SILVIO ; COELI-LACCHINI, FERNANDA BORCHERS ; MOREIRA, AYRTON CUSTODIO ; RAMALHO, LEANDRA N Z ; BRANDALISE, SILVIA ; YUNES, JOSÉ ANDRES ; DE CASTRO, MARGARET ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; ANTONINI, SONIR R R ; DNA methylation is a comprehensive marker for pediatric adrenocortical tumors. ENDOCRINE-RELATED CANCER, v. 1, p. 1-, 2022

BUENO, ANA CAROLINA ; MORE, CANDY BELLIDO ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO C. ; LEAL, LETICIA FERRO ; MONTALDI, ANA PAULA ; RAMALHO, FERNANDO SILVA ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; DE CASTRO, MARGARET ; ANTONINI, SONIR ROBERTO R. ; Vitamin D receptor activation is a feasible therapeutic target to impair adrenocortical tumorigenesis. MOLECULAR AND CELLULAR ENDOCRINOLOGY, v. 1, p. 111757-, 2022

ALVES, INGRID R. ; VÊNCIO, RICARDO Z. ; GALHARDO, RODRIGO S. ; Whole genome analysis of UV-induced mutagenesis in Caulobacter crescentus. MUTATION RESEARCH-FUNDAMENTAL AND MOLECULAR MECHANISMS OF MUTAGENESIS, v. 825, p. 111787-, 2022

BUENO, ANA CAROLINA ; STECCHINI, MONICA F. ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; MORE, CANDY BELLIDO ; LEAL, LETICIA FERRO ; GOMES, DÉBORA CRISTIANE ; DE LIMA NETO, DANIEL FERREIRA ; BRANDALISE, SILVIA REGINA ; CARDINALLI, IZILDA APARECIDA ; YUNES, JOSÉ ANDRES ; JUNQUEIRA, THAIS ; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO ; MOLINA, CARLOS AUGUSTO FERNANDES ; RAMALHO, FERNANDO SILVA ; TUCCI, SILVIO ; COELI-LACCHINI, FERNANDA BORCHERS ; MOREIRA, AYRTON CUSTODIO ; RAMALHO, LEANDRA ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; DE CASTRO, MARGARET ; ANTONINI, SONIR ROBERTO R. ; Vitamin D receptor hypermethylation as a biomarker for pediatric adrenocortical tumors. EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY, v. 1, p. 1-, 2022

NERI DE SOUZA REIS, VIVIANE ; TAHIRA, ANA CAROLINA ; DAGUANO GASTALDI, VINÍCIUS ; MARI, PAULA ; PORTOLESE, JOANA ; FEIO DOS SANTOS, ANA CECILIA ; LISBOA, BIANCA ; MARI, JAIR ; CAETANO, SHEILA C. ; BRUNONI, DÉCIO ; BORDINI, DANIELA ; SILVESTRE DE PAULA, CRISTIANE ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; QUACKENBUSH, JOHN ; BRENTANI, HELENA ; Environmental Influences Measured by Epigenetic Clock and Vulnerability Components at Birth Impact Clinical ASD Heterogeneity. Genes, v. 12, p. 1433-, 2021

IBRAHIM, AMR GALAL ABD EL-RAHEEM ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; KOIDE, TIE ; Halobacterium salinarum and Haloferax volcanii Comparative Transcriptomics Reveals Conserved Transcriptional Processing Sites. Genes, v. 12, p. 1018-, 2021

FERNANDEZ-BECERRA, CARMEN ; BERNABEU, MARIA ; CASTELLANOS, ANGÉLICA ; CORREA, BRUNA R. ; OBADIA, THOMAS ; RAMIREZ, MIRIAM ; RUI, EDMILSON ; HENTZSCHEL, FRANZISKA ; LÓPEZ-MONTAÑÉS, MARIA ; AYLLON-HERMIDA, ALBERTO ; MARTIN-JAULAR, LORENA ; ELIZALDE-TORRENT, ALEIX ; SIBA, PETER ; VÊNCIO, RICARDO Z. ; AREVALO-HERRERA, MYRIAM ; HERRERA, SÓCRATES ; ALONSO, PEDRO L. ; MUELLER, IVO ; DEL PORTILLO, HERNANDO A. ; spleen-dependent genes encode antigens associated with cytoadhesion and clinical protection. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 1, p. 201920596-, 2020

KANAN, ADELLE D. ; COREY, EVA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; ISHWAR, ARJUN ; Liu, Alvin Y. ; Lineage relationship between prostate adenocarcinoma and small cell carcinoma. BMC CANCER, v. 19, p. 518-, 2019

DE ALMEIDA, JOÃO PAULO PEREIRA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; CATEN, FELIPE TEN- ; GOMES-FILHO, JOSÉ VICENTE ; KOIDE, TIE ; The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. Genes, v. 10, p. 280-, 2019

TEN-CATEN, FELIPE ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN PÉRICLES R. ; ZARAMELA, LÍVIA SOARES ; SANTANA, ANA CAROLINA ; KOIDE, TIE ; Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA Biology, v. 1, p. 1-, 2018

Pascal, Laura E ; MASOODI, KHALID Z ; LIU, JUNE ; QIU, XIAONAN ; SONG, QIONG ; WANG, YUJUAN ; ZANG, YACHEN ; YANG, TIEJUN ; WANG, YAO ; RIGATTI, LORA H ; CHANDRAN, UMA ; COLLI, LEANDRO M ; VENCIO, RICARDO Z N ; LU, YI ; ZHANG, JIAN ; Wang, Zhou ; Conditional deletion of ELL2 induces murine prostate intraepithelial neoplasia. JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY, v. 235, p. 123-136, 2017

JIANG, YUXIANG ; ORON, TAL RONNEN ; CLARK, WYATT T. ; BANKAPUR, ASMA R. ; D?ANDREA, DANIEL ; LEPORE, ROSALBA ; FUNK, CHRISTOPHER S. ; KAHANDA, INDIKA ; VERSPOOR, KARIN M. ; BEN-HUR, ASA ; KOO, DA CHEN EMILY ; PENFOLD-BROWN, DUNCAN ; SHASHA, DENNIS ; YOUNGS, NOAH ; BONNEAU, RICHARD ; LIN, ALEXANDRA ; SAHRAEIAN, SAYED M. E. ; MARTELLI, PIER LUIGI ; PROFITI, GIUSEPPE ; CASADIO, RITA ; CAO, RENZHI ; ZHONG, ZHAOLONG ; CHENG, JIANLIN ; ALTENHOFF, ADRIAN ; SKUNCA, NIVES ; DESSIMOZ, CHRISTOPHE ; DOGAN, TUNCA ; HAKALA, KAI ; KAEWPHAN, SUWISA ; MEHRYARY, FARROKH ; SALAKOSKI, TAPIO ; GINTER, FILIP ; FANG, HAI ; SMITHERS, BEN ; OATES, MATT ; GOUGH, JULIAN ; TÖRÖNEN, PETRI ; KOSKINEN, PATRIK ; HOLM, LIISA ; CHEN, CHING-TAI ; HSU, WEN-LIAN ; BRYSON, KEVIN ; COZZETTO, DOMENICO ; MINNECI, FEDERICO ; JONES, DAVID T. ; CHAPMAN, SAMUEL ; BKC, DUKKA ; KHAN, ISHITA K. ; KIHARA, DAISUKE ; OFER, DAN ; RAPPOPORT, NADAV ; STERN, AMOS ; CIBRIAN-UHALTE, ELENA ; DENNY, PAUL ; FOULGER, REBECCA E. ; HIETA, REIJA ; LEGGE, DUNCAN ; LOVERING, RUTH C. ; MAGRANE, MICHELE ; MELIDONI, ANNA N. ; MUTOWO-MEULLENET, PRUDENCE ; PICHLER, KLEMENS ; SHYPITSYNA, ALEKSANDRA ; LI, BIAO ; ZAKERI, POOYA ; ELSHAL, SARAH ; TRANCHEVENT, LÉON-CHARLES ; DAS, SAYONI ; DAWSON, NATALIE L. ; LEE, DAVID ; LEES, JONATHAN G. ; SILLITOE, IAN ; BHAT, PRAJWAL ; NEPUSZ, TAMÁS ; ROMERO, ALFONSO E. ; SASIDHARAN, RAJKUMAR ; YANG, HAIXUAN ; PACCANARO, ALBERTO ; GILLIS, JESSE ; SEDEÑO-CORTÉS, ADRIANA E. ; PAVLIDIS, PAUL ; FENG, SHOU ; CEJUELA, JUAN M. ; GOLDBERG, TATYANA ; HAMP, TOBIAS ; RICHTER, LOTHAR ; SALAMOV, ASAF ; GABALDON, TONI ; MARCET-HOUBEN, MARINA ; SUPEK, FRAN ; GONG, QINGTIAN ; NING, WEI ; ZHOU, YUANPENG ; TIAN, WEIDONG ; FALDA, MARCO ; FONTANA, PAOLO ; LAVEZZO, ENRICO ; TOPPO, STEFANO ; FERRARI, CARLO ; GIOLLO, MANUEL ; PIOVESAN, DAMIANO ; TOSATTO, SILVIO C.E. ; DEL POZO, ANGELA ; FERNÁNDEZ, JOSÉ M. ; MAIETTA, PAOLO ; VALENCIA, ALFONSO ; TRESS, MICHAEL L. ; BENSO, ALFREDO ; DI CARLO, STEFANO ; POLITANO, GIANFRANCO ; SAVINO, ALESSANDRO ; REHMAN, HAFEEZ UR ; RE, MATTEO ; MESITI, MARCO ; VALENTINI, GIORGIO ; BARGSTEN, JOACHIM W. ; VAN DIJK, AALT D. J. ; GEMOVIC, BRANISLAVA ; GLISIC, SANJA ; PEROVIC, VLADMIR ; VELJKOVIC, VELJKO ; VELJKOVIC, NEVENA ; ALMEIDA-E-SILVA, DANILLO C. ; VENCIO, RICARDO Z. N. ; SHARAN, MALVIKA ; VOGEL, JÖRG ; KANSAKAR, LAKESH ; ZHANG, SHANSHAN ; VUCETIC, SLOBODAN ; WANG, ZHENG ; STERNBERG, MICHAEL J. E. ; WASS, MARK N. ; HUNTLEY, RACHAEL P. ; MARTIN, MARIA J. ; O?DONOVAN, CLAIRE ; ROBINSON, PETER N. ; MOREAU, YVES ; TRAMONTANO, ANNA ; BABBITT, PATRICIA C. ; BRENNER, STEVEN E. ; LINIAL, MICHAL ; ORENGO, CHRISTINE A. ; ROST, BURKHARD ; GREENE, CASEY S. ; MOONEY, SEAN D. ; FRIEDBERG, IDDO ; RADIVOJAC, PREDRAG ; An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy. GENOME BIOLOGY, v. 17, p. 184-, 2016

BORGES, GISELY T. ; Vêncio, Eneida F. ; QUEK, SUE-ING ; CHEN, ADELINE ; SALVANHA, DIEGO M. ; Vêncio, Ricardo Z.N. ; NGUYEN, HOLLY M. ; VESSELLA, ROBERT L. ; Cavanaugh, Christopher ; Ware, Carol B. ; TROISCH, PAMELA ; Liu, Alvin Y. ; Conversion of Prostate Adenocarcinoma to Small Cell Carcinoma-Like by Reprogramming. Journal of Cellular Physiology (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2016

QUEK, SUE-ING ; WONG, OLIVIA M. ; CHEN, ADELINE ; BORGES, GISELY T. ; ELLIS, WILLIAM J. ; SALVANHA, DIEGO M. ; Vêncio, Ricardo Z.N. ; WEAVER, BRANDI ; ENCH, YASMIN M. ; LEACH, ROBIN J. ; THOMPSON, IAN M. ; Liu, Alvin Y. ; Processing of voided urine for prostate cancer RNA biomarker analysis. The Prostate (Print), v. 1, p. n/a-n/a, 2015

GUARDIA, GABRIELA D. A. ; PIRES, LUÍS FERREIRA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; MALMEGRIM, KELEN C. R. ; DE FARIAS, CLÉVER R. G. ; A Methodology for the Development of RESTful Semantic Web Services for Gene Expression Analysis. Plos One, v. 10, p. e0134011-, 2015

GOMES-FILHO, J. V. ; ZARAMELA, LIVIA S. ; ITALIANI, V. C. S. ; BALIGA, NITIN S. ; VENCIO, R. Z. N. ; KOIDE, TIE ; Sense overlapping transcripts in IS 1341</i> -type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA Biology, v. 12, p. 490-500, 2015

KHAN, ATLAS ; XUE, LI ZHENG ; WEI, WU ; QU, YANPENG ; HUSSAIN, AMIR ; VENCIO, RICARDO Z. N. ; Convergence Analysis of a New Self Organizing Map Based Optimization (SOMO) Algorithm. Cognitive Computation, v. 7, p. 1-, 2015

ERNST, MADELEINE ; SILVA, DENISE B. ; SILVA, RICARDO ; MONGE, MARCELO ; SEMIR, JOÃO ; Vêncio, Ricardo Z.N. ; LOPES, NORBERTO P. ; A metabolomic protocol for plant systematics by matrix-assisted laser-desorption/ionization time-of flight mass spectrometry. Analytica Chimica Acta (Print), v. 859, p. 46-58, 2015

SILVA, D. C. A. E. ; VENCIO, R. Z. N. ; SIFTER-T: A scalable and optimized framework for the SIFTER phylogenomic method of probabilistic protein domain annotation. BioTechniques, v. 58, p. 140-, 2015

BORGES, G. T. ; VENCIO, E. F. ; VENCIO, R. Z. N. ; Vessella, Robert L ; Ware, Carol B ; Liu, Alvin Y ; Reprogramming of Prostate Cancer Cells - Technical Challenges. Current Urology Reports (Print), v. 16, p. 468-, 2015

ZARAMELA, LIVIA S. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; TEN-CATEN, FELIPE ; BALIGA, NITIN S. ; KOIDE, TIE ; Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. Plos One, v. 9, p. e107680-, 2014

PERSINOTI, G. F. ; PERES, N. T. A. ; JACOB, T. R. ; ROSSI, A. ; VENCIO, R. Z. N. ; MARTINEZ-ROSSI, N. M. ; RNA-sequencing analysis of Trichophyton rubrum transcriptome in response to sublethal doses of acriflavine. BMC Genomics, v. 15, p. S1-, 2014

ERNST, M. ; SILVA, D. B. ; SILVA, R. R. ; VENCIO, R. Z. N. ; LOPES, N. P. ; Mass spectrometry in plant metabolomics strategies: from analytical platforms to data acquisition and processing. Natural Product Reports, v. 1, p. 1-, 2014

SILVA, R. R. ; JOURDAN, F. ; SALVANHA, D. M. ; LETISSE, F. ; JAMIN, E. ; GUIDETTI-GONZALEZ, S. ; LABATE, C. A. ; VENCIO, R. Z. N. ; ProbMetab: an R package for Bayesian probabilistic annotation of LC-MS based metabolomics. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 30, p. 1-, 2014

Vêncio, Eneida F. ; Nelson, Angelique M. ; Cavanaugh, Christopher ; Ware, Carol B. ; Milller, Daniel G. ; Garcia, Julio C.O. ; Vêncio, Ricardo Z.N. ; Loprieno, Michelle A. ; Liu, Alvin Y. ; Reprogramming of prostate cancer-associated stromal cells to embryonic stem-like. The Prostate (Print), v. 71, p. n/a-n/a, 2012

VENCIO, R ; OLIVEIRA, G. B. ; Integração entre Biologia e Física: construindo redes de regulação gênica usando equações diferenciais. Revista Brasileira de Ensino de Bioquímica e Biologia Molecular, v. 1, p. 30-43, 2006

MIYAZAKI, F. A. ; GUARDIA, G. D. A. ; VENCIO, R ; FARIAS, C. R. G. ; Semantic integration of gene expression analysis tools and data sources using software connectors. BMC Genomics, v. 14, p. S2-, 2013

SU, F. ; CORREA, B. R. S. ; LUO, J. ; VENCIO, R ; Pascal, Laura E ; WANG, Z. ; Gene Expression Profiling Reveals Regulation of ERK Phosphorylation by Androgen-Induced Tumor Suppressor U19/EAF2 in the Mouse Prostate. Cancer Microenvironment, v. 1, p. 23440596-1, 2013

GUARDIA, G. D. A. ; VENCIO, R ; FARIAS, C. R. G. ; A UML profile for the OBO relation ontology. BMC Genomics, v. 13, p. S3-, 2012

Vasconcelos, E.J.R. ; Terrão, M.C. ; Ruiz, J.C. ; VENCIO, R ; Cruz, A.K. ; In silico identification of conserved intercoding sequences in Leishmania genomes: Unraveling putative cis-regulatory elements. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. , p. 1-, 2012

LIU, A. Y. ; VENCIO, R ; PAGE, L. S. ; HO, M. ; Loprieno, Michelle A. ; TRUE, L. D. ; Bladder expression of CD cell surface antigens and cell type-specific transcriptomes. Cell and Tissue Research (Print), v. 347, p. 1-, 2012

LIU, A. Y. ; PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; VENCIO, E. F. ; Stromal-epithelial interactions in early neoplasia. Cancer Biomarkers, v. 9, p. 141-155, 2011

Cortez, D.A. ; Tonon, A.P. ; Colepicolo, P. ; VENCIO, R ; Combining P values to improve classification of differential gene expression in the HTself software. Genetics and Molecular Research, v. 10, p. 1-, 2011

Toledo, Sílvia Regina Caminada ; Zago, Marco Antonio ; Oliveira, Indhira Dias ; Proto-Siqueira, Rodrigo ; Okamoto, Oswaldo K. ; Severino, Patricia ; VENCIO, R ; Gamba, Francine Tesser ; Silva, Wilson A. ; Moreira-Filho, Carlos A. ; Torre, Cristiane A. Dalla ; Alves, Maria Tereza Seixas ; Garcia-Filho, Reynaldo J. ; Simpson, Andrew J. G. ; Petrilli, Antonio Sergio ; Insights on PRAME and osteosarcoma by means of gene expression profiling. Journal of Orthopaedic Science (Print), v. , p. 4-, 2011

Pascal, Laura E ; VENCIO, R ; Vessella, Robert L ; Ware, Carol B ; Vencio, Eneida F ; Denyer, Gareth ; Liu, Alvin Y ; Lineage relationship of prostate cancer cell types based on gene expression. BMC Medical Genomics, v. 4, p. 46-, 2011

Pascal, Laura E. ; Ai, Junkui ; VENCIO, R ; Vêncio, Eneida F. ; Zhou, Yong ; Page, Laura S. ; True, Lawrence D. ; Wang, Zhou ; Liu, Alvin Y. ; Differential Inductive Signaling of CD90+ Prostate Cancer-Associated Fibroblasts Compared to Normal Tissue Stromal Mesenchyme Cells. Cancer Microenvironment, v. 4, p. 51-59, 2011

SILVA, I. T. ; VENCIO, R ; OLIVEIRA, T. Y. ; MOLFETTA, G. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 161-, 2010

PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; PAGE, L. S. ; LIEBESKIND, E. S. ; SHADLE, C. P. ; TROISCH, P. ; MARZOLF, B. ; TRUE, L. D. ; HOOD, L. E. ; LIU, A. Y. ; Gene expression relationship between prostate cancer cells of Gleason 3, 4 and normal epithelial cells as revealed by cell type-specific transcriptomes. BMC Cancer (Online), v. 9, p. 452-, 2009

PASCAL, L. E. ; GOO, Y. A. ; VENCIO, R ; PAGE, L. S. ; CHAMBERS, A. A. ; LIEBESKIND, E. S. ; TAKAYAMA, T. K. ; TRUE, L. D. ; LIU, A. Y. ; Gene expression down-regulation in CD90+ prostate tumor-associated stromal cells involves potential organ-specific genes. BMC Cancer (Online), v. 9, p. 317-, 2009

FELIX, J. M. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; ULIAN, E. C. ; SOUZA, G. M. ; MENOSSI, M. ; Expression Profile of Signal Transduction Components in a Sugarcane Population Segregating for Sugar Content. Tropical Plant Biology (Print), v. 2, p. 98-109, 2009

PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; GOO, Y. A. ; PAGE, L. S. ; SHADLE, C. P. ; LIU, A. Y. ; Temporal expression profiling of the effects of secreted factors from prostate stromal cells on embryonal carcinoma stem cells. The Prostate, v. 69, p. 1353-1365, 2009

PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; FELIX, J. M. ; BRANCO, D. S. ; WACLAWOVSKY, A. J. ; DEL BEM, L. E. V. ; LEMBKE, C. G. ; COSTA, M. D. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VICENTINI, R. ; VINCENTZ, M. G. ; ULIAN, E. C. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. ; Sugarcane genes associated with sucrose content. BMC Genomics, v. 10, p. 120-, 2009

IZAAC, S. M. S. ; KOIDE, T. ; VENCIO, R ; GOMES, S. L. ; Global gene expression analysis during germination in the Chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell (Online), v. 8, p. 170-180, 2009

PAPINI-TERZI, F. S. ; FELIX, J. M. ; ROCHA, F. R. ; WACLAWOVSKY, A. J. ; ULIAN, E. C. ; CHABREGAS, S. M. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. ; The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane plants. Sugar Cane International, v. 26, p. 25-29, 2008

LEE, W. ; CUI, D. ; CZESNIKIEWICZ-GUZIK, M. ; VENCIO, R ; SHMULEVICH, I. ; ADEREM, A. ; WEYAND, C. M. ; GORONZY, J. J. ; Age-dependent signature of metallothionein expression in primary CD4 T-cell responses is due to sustained zinc signaling. Rejuvenation Research, v. 11, p. 1001-1011, 2009

QUEREC, T. ; AKONDY, R. S. ; LEE, E. K. ; CAO, W. ; NAKAYA, H. I. ; TEUWEN, D. ; PIRANI, A. ; GERNERT, K. ; DENG, J. ; MARZOLF, B. ; KENNEDY, K. ; WU, H. ; BENNOUNA, S. ; OLUOCH, H. ; MILLER, J. ; VENCIO, R ; MULLIGAN, M. ; ADEREM, A. ; AHMED, R. ; PULENDRAN, B. ; Systems biology approach predicts immunogenicity of the yellow fever vaccine in humans. Nature Immunology, v. 10, p. 116-125, 2008

FERNANDEZ-BECERRA, C. ; YAMAMOTO, M. M. ; VENCIO, R ; LACERDA, M. ; ROSANAS-URGELL, A. ; PORTILLO, H. A. ; Plasmodium vivax and the importance of the subtelomeric multigene vir superfamily. Trends in Parasitology, v. 25, p. 44-51, 2009

ZAINI, P. A. ; FOGACA, A. C. ; LUPO, F. N. G. ; NAKAYA, H. I. ; VENCIO, R. Z. N. ; SILVA, A. M. ; The Iron Stimulon of Xylella fastidiosa Includes Genes for Type IV Pilus and Colicin V-Like Bacteriocins. Journal of Bacteriology, v. 190, p. 2368-2378, 2008

VENCIO, R ; SHMULEVICH, I. ; ProbCD: enrichment analysis accounting for categorization uncertainty. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 383-, 2007

SEVERINO, P. ; VENCIO, R ; DUSSURGET, O. ; DUMAS, E. ; GARRIDO, P. ; PADILLA, G. ; PIVETEAU, P. ; LEMAITRE, J. ; KUNST, F. ; GLASER, P. ; BUCHRIESER, C. ; Comparative Transcriptome Analysis of Listeria monocytogenes Strains of the Two Major Lineages Reveals Differences in Virulence, Cell Wall, and Stress Response. Applied and Environmental Microbiology, v. 73, p. 6078-6088, 2007

COSTAFREDA, S. G. ; BRAMMER, M. J. ; VENCIO, R ; MOURAO, M. L. ; PORTELA, L. A. P. ; CASTRO, C. C. ; GIAMPIETRO, V. P. ; AMARO JUNIOR, E. ; Multisite fMRI reproducibility of a motor task using identical MR systems. Journal of Magnetic Resonance Imaging, v. 26, p. 1122-1126, 2007

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; VARUZZA, L. ; BRENTANI, H. ; PEREIRA, C. A. B. ; SHMULEVICH, I. ; Simcluster: clustering enumeration gene expression data on the simplex space. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 246-, 2007

OKAMOTO, O. K. ; CARVALHO, A. C. S. R. ; MARTI, L. C. ; VENCIO, R. Z. N. ; MOREIRA-FILHO, C. A. ; Common molecular pathways involved in human CD133+/CD34+ progenitor cell expansion and cancer. Cancer Cell International (Online), v. 7, p. 11-, 2007

ROCHA, F. R. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; VICENTINI, R. ; DUARTE, R. D. C. ; SILVA, F. V. ; MEDEIROS, A. H. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; HEMERLY, A. S. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. ; Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics, v. 8, p. 71-, 2007

BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; ABDALA, S. ; CARRANZA, J. C. ; WESTENBERGER, S. J. ; SILVA, M. N. ; PEREIRA, C. A. B. ; GALVAO, L. M. ; GONTIJO, E. D. ; CHIARI, E. ; STURM, N. R. ; ZINGALES, B. ; Differential transcription profiles in Trypanosoma cruzi associated with clinical forms of Chagas disease: Maxicircle NADH dehydrogenase subunit 7 gene truncation in asymptomatic patient isolates. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 150, p. 236-248, 2006

KOIDE, T. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; GOMES, S. L. ; Global gene expression analysis of the heat shock response in the phytopathogen Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology, v. 188, p. 5821-5830, 2006

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; PATRAO, D. F. C. ; BAPTISTA, C. S. ; PEREIRA, C. A. B. ; ZINGALES, B. ; BayBoots: a model-free Bayesian tool to identify class markers from gene expression data. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 138-142, 2006

KOIDE, T. ; IZAAC, S. M. S. ; GOMES, S. L. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 93-107, 2006

PEIXOTO, B. R. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; EGIDIO, C. M. ; MOTA-VIEIRA, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. ; Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics, v. 7, p. 35-, 2006

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; KOIDE, T. ; GOMES, S. L. ; PEREIRA, C. A. B. ; BayGO: Bayesian analysis of ontology term enrichment in microarray data. BMC Bioinformatics, v. 7, p. 86-, 2006

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; KOIDE, T. ; HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies. DNA Research, v. 12, p. 211-214, 2005

FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C. ; BARBOSA, E. M. ; KATAYAMA, M. L. H. ; SOARES, F. A. ; OLIVEIRA, C. T. ; REIS, L. F. L. ; CAMARGO, L. P. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; SNITCOVSKY, I. M. L. ; MAKDISSI, F. B. A. ; BRENTANI, M. M. ; Gene expression profile associated with response to doxorubicin-based therapy in breast cancer. Clinical Cancer Research, v. 11, p. 7434-7443, 2005

PASHALIDIS, S. ; MOREIRA, L. M. ; ZAINI, P. A. ; CAMPANHARO, J. C. ; ALVES, L. M. C. ; CIAPINA, L. P. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; LEMOS, E. G. M. ; SILVA, A. M. ; SILVA, A. C. R. ; Whole-genome expression profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont), v. 9, p. 77-90, 2005

PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; OLIVEIRA, K. C. ; FELIX, J. M. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, C. S. ; SIMOES, A. C. Q. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; SILVA, A. M. ; PEREIRA, C. A. B. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M. ; Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues. DNA Research, Japão, v. 12, p. 27-38, 2005

RIBICHICH, K. F. ; IZAAC, S. M. S. ; GEORG, R. C. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; NAVARRO, L. D. ; GOMES, S. L. ; Gene discovery and expression profile analysis through EST sequencing from different developmental stages of the chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell (Online), Estados Unidos, v. 4, p. 455-464, 2005

BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; ABDALA, S. ; VALADARES, M. P. ; MARTINS, C. ; PEREIRA, C. A. B. ; ZINGALES, B. ; DNA microarrays for comparative genomics and analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi. Molecular and Biochemical Parasitology, Estados Unidos, v. 138, p. 183-194, 2004

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C. ; PEREIRA, C. A. B. ; Bayesian model accounting for within-class biological variability in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). BMC Bioinformatics, Estados Unidos, v. 5, p. 119-0, 2004

KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; SILVA, A. C. R. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; SILVA, A. M. ; GOMES, S. L. ; DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos, v. 186, p. 5442-5449, 2004

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; BRENTANI, H. ; PEREIRA, C. A. B. ; Using credibility intervals instead of hypothesis tests in SAGE analysis. Bioinformatics (Oxford), v. 19, p. 2461-2464, 2003

COUTINHO, M. ; BALBACHEVSKY, E ; HOLZHACKER, D. O. ; PATRAO, D. F. C. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; SILVA, R. L. M. ; LUCATELLI, M. L. G. ; REIS, L. F. ; MARIN, M. A. ; Intellectual property and public research in biotechnology: the scientists opinion. Scientometrics, Hungria, v. 58, p. 641-656, 2003

Capítulos de livros publicados

MONTEIRO, M. S. A. ; VENCIO, R ; A 'molecularização' do câncer de próstata: reflexões sobre o chip de DNA. In: Santos RV; Gibbon S; Beltrão JF. Identidades Emergentes, Genética e Saúde: perspectivas antropológicas. Rio de Janeiro: Editora Garamond; Editora Fiocruz, 2012, v. , p. 151-177.

BARRERA, J. ; CESAR-JR, R. M. ; MARTINS-JR, D. C. ; VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; MERINO, E. F. ; YAMAMOTO, M. M. ; LEONARDI, F. G. ; PEREIRA, C. A. B. ; PORTILLO, H. A. ; Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In: McConnell; Lin; Hurban. Methods of Microarray Data Analysis V. : Springer, 2006, v. , p. 11-27.

VENCIO, R;VENCIO, R. Z. N.;Vêncio, Ricardo Z;Vêncio, Ricardo Z.N.;VÊNCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z. N.;VENCIO, RICARDO Z N;VÊNCIO, RICARDO Z.;VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO;VÊNCIO, RICARDO Z N ; BRENTANI, H. ; Statistical Methods in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). In: Zhang Z; Shmulevich I. Computational and Statistical Approaches to Genomics - 2nd edition. : Springer, 2006, v. , p. 207-232.